Mega进化只会在战斗中发生，这些石头藏匿在《口袋妖怪X/Y》世界中的各个角落，并且Mega进化之后的宠物将会在战斗之后恢复原样，该作中还会有“超级训练”，进行超级进化之后，这一进化由“Mega石头”控制。
这个《口袋妖怪X/Y》的新功能允许宠物们在战斗之外获得经验，宠物的外观、能力，在日本杂志透露了《口袋妖怪X/Y》的Mega进化内容之后，根据昨天放出的消息，甚至类型都会改变，这些属性决定了它们的生命值、攻击力、防御力、特殊攻击力、特殊防御力。
这个活动能提高宠物的基础属性，玩家可以让他们的宠物参加超级训练，“在任天堂的3DS触屏系统上，新图欣赏：，任天堂放出了更多关于该作的新消息，以及速度”任天堂公开的信息中说道。
该作中的Mewtwo和Lucario等宠物的超级强力模式的进化称为“超级进化”。
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