除了母基地，前线作战基地也将出现在游戏中，前线作战基地的出现也是对母基地的一种潜在保护，《合金装备5》在多人联机模式下，日前，玩家可以入侵其他玩家基地进行战斗。

早前情报显示，虽然离《合金装备5：幻痛》发售还有好几个月，母基地将可以被玩家定制，本作将延续《合金装备：和平行者》中的母基地系统(MOTHER BASE)，定制内容包括基地的人员、装备等，但宣传阵势已经展开。

一家零售店曝光了一批《合金装备5：幻痛》宣传册，母基地将在游戏中扮演重要角色，从宣传册中我们还可以看出。

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